1.双击打开Autodock，点击“File”下面的“Set”设置工作目录，工作目标里要包含小分子和蛋白各自的PDB文件以及安装时的一些文件（具体可看“DS医学生”UP的视频）

2.将自己工作目录的路径复制在此处，然后点Make Default

3.点击“File”下面的“read molecule”，将蛋白的pdb文件导入软件

4.点击“Eidt”下面的“Delete water”和“hydrogen”，Add后直接默认OK就好

5.将蛋白选为受体，点击'Grid"下面的“macromolecule”等，后续会跳出框来，一直默认确定就好

6.选中蛋白后，右键删除，再导入小分子，同样的点击“File”下面的“read molecule”，将小分子的pdb文件导入软件

7.点击“Eidt”下面的“hydrogen”，Add后直接默认OK就好

8.把小分子选为配体，点击“ligand”下面的“input”“choose”等，后续跳框出来直接确认就好

9.检测扭转中心和扭转键，如图点击“ligand”下面的“torsion tree”等，分两步，一直确认就好

10.导出小分子的pdbqt文件，点击“ligand”下面的“output”

11.删除小分子后，开始对接，先打开蛋白的pdbqt文件（“Grid”“macromolecule”“open”“Yes”），弹框确认就好

12.打开小分子的pdbqt文件（“Grid”“set map types”“open ligand”“Yes”）

13.设置对接box（“Grid”“grid box”），如果想把box变成透明的，就点弹窗上的“view”下的“show box as lines”

14.通过鼠标移下面这些值，使蛋白都在box里；如果已经知道了活性位点，那么可以直接框活性位点部分

15.点击下方图标，取消mouse transforms前面的勾，选中root下面的小分子栏后，鼠标右键按住将小分子拖出box，拖出去后再把mouse transforms前面的勾勾上，然后叉掉弹框即可

16.结束之后点击弹窗的file，close saving current

17.进行vina对接（“docking”“output”“vina config”）

18.设置out的文件名名称，保存路径还是工作目录，下面的modes在这里改了也没用，在后续导出的txt文件中加一行命令即可（num_modes=次数自己设置)

19.运行（“run”“run autodock vina”），弹窗中第二行点browse，双击刚刚保存的txt文件，点launch，等着弹框消失就说明运行完了

20.删掉左侧栏里的蛋白和小分子，开始分析vina对接结果

21.将蛋白的pdbqt文件也导入

22.如下图操作可看到是否有ΠΠ共轭和Π阳离子相互作用，为了更方便看结合位点以及氨基酸位置等，可在pymol软件里看，后面有空整理一期

若是使用qvina进行对接，那么在第18步结束后，在txt文件所在目录打开终端，输入以下代码即可（txt文件命名改为自己的，默认是config.txt）

qvina2 --config config.txt

如下图表示运行结束，后续在pymol中的操作我有视频已经讲过，这里不赘述了