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分子对接(三)分子对接正式操作流程
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2021-05-14 11:01:03
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Autodock Vina分子对接完整步骤
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1安装
01:59
2对接完整步骤
15:05
3用一条代码运行Vina
02:40
4用PYMOL把蛋白和小分子输出为复合物
05:05
5Vina和Autodock的不同点
04:08
6仔细检查是否生成氢键
03:03
7用PYMOL计算配体RMSD
05:26
8同一小分子对接不同蛋白可批量计算RMSD
03:00
9用PYMOL给其他作用力换个颜色显示
08:40
10Exhaustiveness推荐值10
12:53
11Vina的优点
10:01
12Vina的对接参数
08:04
13Vina的引用
00:31
Autodock分子对接完整步骤(含对官方文件解读)
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1安装教程
07:11
2分子对接完整步骤
16:10
3加氢、计算电荷疑问解析
19:43
4官方教程网址
02:33
5官方教程解读
29:37
6我该对小分子compute Gasteiger吗
08:23
7我该对大分子compute Gasteiger吗
13:18
8所以到底什么时候compute Gasteiger
02:14
9Nice level是什么
05:44
10如何获取小分子mol2或pdb文件
13:33
11为什么两次同样的操作会有不同的结果
09:47
12用R语言pheatmap包绘制结合能热图
10:22
13用PYMOL绘制图片
19:32
14Run Autogrid一闪而过
05:01
15添加金属离子参数(Unkown receptor type)
18:56
16给金属原子添加形式电荷
07:07
17分析结果时unable to build Hbonds
08:07
18如何找到最优构象
01:50
19对接结合能1kcal=4.184kJ
04:04
20用PYMOL计算配体RMSD
01:24
21can't find or open Grid Parameter File
02:28
22用R语言png函数输出高分辨率(DPI)图片
09:43
23官方建议对接50次
00:43
24用PMYOL给蛋白小分子添加标签
03:08
25Autodock的引用
00:54
26Run Autodock一闪而过
07:12
27知道活性中心坐标后怎么确定grid box
11:27
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