手推卷积公式
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软件准备：
1 pymol 看b站视频，pymol下载链接 https://github.com/cgohlke/pymol-open-source-wheels/releases
2 MGL tools的autoDOCK工具。下载网址：https://ccsb.scripps.edu/mgltools/downloads/
3 vina 不用安装，下载网址：https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/releases
彩蛋 搜索利器everything 下载网址：https://www.voidtools.com/zh-cn/
分子对接具体过程：
示例用1iep
1先用pymol 打开蛋白质共晶文件 去水等，拆分蛋白和小分子 分别保存为pdb文件。
2autoDOCK处理
蛋白：加氢，加电荷，得到pdbqt文件；
小分子：加氢，加电荷，设置可旋转的键，得到pdbqt文件；
设置对接盒子，得到config文件；
3 vina对接
把vina，pdbqt文件，config文件放到同一个文件夹，路径中不能有中文和空格
vina --config config.txt --exhaustiveness=24 --ligand 小分子文件名.pdbqt --out 输出结果文件名.pdbqt
4得到结果，autoDOCK、pymol等进行展示
#1.2.3版vina做分子对接
#可直接下载vina文件，不用安装，下载网址：https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina/releases
#把config.txt，蛋白和小分子文件放到一个文件夹,路径中不要有空格和中文
#windows命令行下（不用anaconda的powershell），cd切换到该文件夹。
#1.2.3取消了--log，输出文件是--out 这个和1.1.2版本一样，输出的是pdbqt格式
#1.2.3版本，把下载的vina_1.2.3_windows_x86_64.exe文件名改成vina.exe。把该文件放到上述文件夹中。
--ligand 小分子文件名
--out 对接构象输出文件名
>duijiedafen.txt 结果输出文件名，如果不设置，结果直接显示在控制台
分子对接
vina --config config.txt --exhaustiveness=24 --ligand lig.pdbqt --out iep24529.pdbqt
vina --config config.txt --exhaustiveness=24 --ligand rosmarinic_acid.pdbqt --out cav240116.pdbqt
vina --config config.txt --exhaustiveness=24 --ligand rosmarinic_acid.pdbqt --out cavduijie2.pdbqt >duijiedafen.txt
展示结果pymol
岐伯门下
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