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三代全长转录组分析实战教程

5458

已完结 · 共34课时

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全长转录组的基本概念、技术原理、发展历程、分析流程和数据挖掘

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东方天意DFTY

李冕，生物信息学与医学双学科背景博士，毕业于纽约州立大学宾汉姆顿分校，现任山东第一医科大学教师。

课程概述

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700多分钟理论+实操详细讲解全长转录组的基本概念、技术原理、发展历程、分析流程和数据挖掘。内容预告： 1.多组学和全长转录组的基本概念 2.全长转录组的发展历程和技术原理 3.二代RNA-seq(有参)最全分析流程（多种主流分析软件组合） 4.全长转录组分析流程详解（PacBio和ONT） 5.后期高级分析和数据挖掘（可变剪切、新转录本注释、融合基因等） 6.持续更新.....

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课程目录

仅看课时

附赠课件

章节选择

一、多组学技术的简介

全集试看

1.1 三代全长转录组测序课程前言

视频课

13分33秒

2

全集试看

1.2 多组学技术的起源和原理

视频课

23分43秒

3

全集试看

1.3 多组学的研究内容和方法

视频课

7分36秒

二、测序技术的发展和原理（一代、二代、三代测序）

4

全集试看

2.1 测序技术的发展和原理

视频课

5分9秒

5

全集试看

2.2 第一代测序技术(Sanger测序)介绍

视频课

17分6秒

6

全集试看

2.3 第二代测序技术介绍

视频课

13分47秒

7

全集试看

2.4 第三代测序技术介绍

视频课

10分38秒

8

全集试看

2.5 测序数据存储格式

视频课

8分57秒

三、全长转录组测序的起源、技术原理和分析流程

9

全集试看

3.1 RNA-seq技术的起源和发展历程

视频课

20分4秒

10

全集试看

3.2 基因的结构和RNA

视频课

9分38秒

11

全集试看

3.3 全长转录组测序的技术原理

视频课

15分21秒

12

全集试看

3.4 生物信息学分析流程

视频课

26分28秒

四、分析前期准备工作

13

4.1 参考基因组和注释文件

视频课

24分15秒

14

4.2 Mamba安装与使用

视频课

23分21秒

15

4.3 软件（二进制文件）的安装与使用

视频课

10分4秒

五、二代RNA-seq(有参)分析流程

16

5.1 分析流程总览

视频课

8分16秒

17

5.2 数据下载流程

视频课

9分13秒

18

5.3 FastQC和MultiQC 查看数据质量

视频课

20分33秒

19

5.4 fastp 使用方法介绍

视频课

21分17秒

20

5.5 序列比对到参考基因组/转录组

视频课

3分1秒

21

5.6 STAR 使用方法介绍

视频课

12分37秒

22

5.7 Hisat2 使用方法介绍

视频课

26分45秒

23

5.8 Stringtie 使用方法介绍

视频课

27分33秒

24

5.9 Salmon 使用方法介绍

视频课

29分13秒

25

5.10 FeatureCounts 使用方法介绍

视频课

11分23秒

六、三代全长转录组(有参)分析流程

26

6.1 【PacBio】序列比对到参考基因组、组装定量

视频课

46分49秒

27

6.2 【PacBio】IsoQuant 使用方法介绍

视频课

19分47秒

28

6.3 【PacBio】Bambu 使用方法介绍

视频课

13分36秒

29

6.4 【ONT】序列比对到参考基因组、组装定量

视频课

53分23秒

30

6.5 【ONT】IsoQuant 使用方法介绍

视频课

15分4秒

31

6.6 【ONT】Bambu 使用方法介绍

视频课

8分37秒

七、聚类分析、差异表达和基因富集分析（GO/KEGG）

32

7.1 样本之间关系探索

视频课

40分9秒

33

7.2 差异（基因/转录本）表达分析

视频课

44分6秒

34

7.3 KEGG和GO富集分析

视频课

25分6秒

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